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Curriculum Vitæ

Mis à jour le 17 juillet 2019

Profil

Médecin de Santé Publique avec une formation initiale en épidémiologie et recherche clinique, je suis spécialisé en informatique biomédicale et data science. J’ai dans cette discipline un focus sur la bioinformatique et l’utilisation conjointe de données omiques et cliniques pour avancer la recherche en médecine personnalisée, en faisant appel aux méthodes de modélisation statistiques avancées et d’apprentissage automatisé.

Je me passionne pour l’ouverture, le partage, et la réutilisation des données, et plus globalement la reproductibilité en recherche. J’ai également un intérêt particulier pour la pédagogie, la communication scientifique et la visualisation de données.

Je mène actuellement un projet en collaboration avec les virologues de l’HEGP (Dr Hélène Péré, Dr David Veyer) sur les cancers HPV induits et le rôle de l’intégration du génome HPV chez l’humain, avec une extension aux autres cancers viro-induits en collaboration avec l’équipe du Pr Jessica Zucman-Rossi.

Formation

Université Paris Descartes

  • PhD candidate en Informatique Biomédicale — Novembre 2018 à aujourd’hui
    Thèse de sciences sur l’intégration longitudinale de données omiques dans les entrepôts de données cliniques

Université de Lorraine

  • Diplôme d’État de Docteur en Médecine — 6 Octobre 2017
    Thèse d’exercice portant sur le déploiement et la gouvernance d’un entrepôt de données au CHRU de Nancy
  • DES de Santé Publique et Médecine Sociale — Novembre 2012 à Octobre 2017

Université Paris Descartes

  • Master 2 Santé Publique - Spécialité Informatique Biomédicale — Septembre 2014 à Juin 2015

Harvard Medical School - Department of Biomedical Informatics

  • Stage de recherche Master 2 — Janvier 2015 à Octobre 2015
    Mémoire de master portant sur l’analyse génotype-phénotype dans le syndrome de Phelan-McDermid

Université de Lorraine

  • Master 1 Santé Publique - Parcours Recherche Clinique et Épidémiologique — Octobre 2012 à Juin 2013

Expérience professionnelle

Hôpital Européen Georges Pompidou

  • Assistant Hospitalo-Universitaire au service d’Informatique Médicale — Novembre 2017 à aujourd’hui
  • Membre du Comité Éthique de la Recherche APHP.5 — Mars 2018 à aujourd’hui

Université Paris V René Descartes

  • Assistant Hospitalo-Universitaire à l’INSERM UMR_S 1138 Équipe 22, Information Sciences to support Personalized Medicine — Novembre 2017 à aujourd’hui

CHRU Nancy

  • Interne de Santé Publique et Médecine Sociale
    • Service d’Évaluation et d’Information Médicales — Novembre 2015 à Novembre 2017
    • Service d’Épidémiologie et Évaluation Cliniques — Novembre 2013 à Octobre 2014
    • Département de Recherche en Environnement — Mai 2013 à Octobre 2013
    • Équipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière — Novembre 2012 à Avril 2013

Enseignement

Hôpital Européen Georges Pompidou

  • Encadrement d’internes — Novembre 2018 à aujourd’hui
    Projet de classification de comptes rendus médicaux par méthode de deep learning
  • Encadrement d’un étudiant DFGSM3 — Juillet 2019
    Projet de développement d’un outil d’aide aux analyses statistiques
  • Formation des étudiants et stagiaires du service — Novembre 2017 à aujourd’hui
    Formation aux logiciels de traitement des données en informatique biomédicale, analyses statistiques et entrepôt de données

Université Paris V René Descartes

  • Master 2 Informatique Biomédicale — Novembre 2017 à aujourd’hui
    Cours dans l’UE Entrepôts et fouille de données (3 cours de 3h)
    Participation à l’élaboration du programme
    Cours de mise à niveau en informatique médicale (3h/j pendant 2 semaines)
  • Lecture Critique d’Articles scientifiques — Novembre 2017 à aujourd’hui
    TD aux étudiants en DFGSM3 (4 TD de 2×2h)
    Rédaction de sujets
  • Parcours Informatique Biomédicale DFGSM3 — Novembre 2017 à aujourd’hui
    Responsable du module de machine learning (7 cours/TD de 3h)

Journée Démocratie Sanitaire en Recherche, Cancéropôle IdF — Juin 2019
Présentation sur le partage des données en bioinformatique

Séminaire Annuel National de Formation des Internes de Santé Publique — Avril 2019
Cours magistral sur Big Data, IA et éthique en santé

Séminaire National d’Accueil des Nouveaux Internes de Santé Publique — Octobre 2018
Présentation de la spécialité d’Informatique Biomédicale

CHRU Nancy

  • Formations à R au sein du DIM et du Service d’Évaluations Médicales

Université de Lorraine

  • École de Sages-Femmes — Avril 2017
    TD de biostatistiques aux étudiantes maïeuticiennes en 3e année (4h de TD)
  • École de Sages-Femmes — Décembre 2016
    Cours et Accompagnement individuel en épidémiologie et biostatistiques aux étudiantes maïeuticiennes en 5e année (4h de cours, 4h de TD)
  • Faculté de Médecine — Novembre 2016
    Élaboration et rédaction d’un guide méthodologique pour la conduite du travail de thèse par les jeunes médecins au CHRU de Nancy
  • Diplôme Inter-Universitaire d’Hygiène Hospitalière — Juin 2013
    Cours d’épidémiologie et biostatistiques aux étudiants pharmaciens en DIUHH (6h/j pendant deux semaines)
  • Diplôme Universitaire de Prévention des Infections Nosocomiales — Septembre 2013
    Cours d’épidémiologie, biostatistiques, gestion de bibliographie et lecture critique d’article aux étudiantes infirmières en DUPIN (6h/j pendant deux semaines)

Compétences

Épidémiologie

  • Méthodologie de la recherche biomédicale
  • Design d’études scientifiques
  • Évaluation et démarche qualité

Statistiques

  • Statistiques fréquentistes uni et multivariées
  • Modèles de régressions
  • Modèles mixtes
  • Simulations

Machine Learning

  • Apprentissage non supervisé
  • Réduction de dimensionalité
  • Apprentissage supervisé
  • Régressions
  • Réseaux de neurones (deep learning)
  • Fouille de texte

Informatique

  • Administration système GNU/Linux
  • Virtualisation
  • Containerisation

Information médicale

  • Terminologies (CIM10, CCAM, MeSH, SNOMED, UMLS, …)
  • Fonctionnement et utilisation du PMSI et des bases de données médico-administratives
  • Tableaux de bord
  • Entrepôts de données (i2b2, tranSMART)

Bioinformatique

  • Outils de la bioinformatique (bowtie, bwa, samtools, bedtools, blat, blast, geneious …)
  • Analyses bioinformatiques (alignement, reconstruction de génome, analyse de variants, …)
  • Réalisation de pipelines bioinformatiques
  • Développement d’outils d’aide à l’analyse

Programmation

  • Technologies web : HTML5, CSS3, JavaScript
  • Visualisation : D3.js, R/ggplot2, R/Shiny
  • C/C++
  • SQL
  • Langages de script :
    • bash
    • python
    • perl
  • R
    • Manipulation de données (tidyverse)
    • Analyses statistiques et machine learning
    • Visualisation (ggplot2, shiny)
    • Authoring (knitr, rmarkdown, …)
    • Tableaux de bord et interfaces de mise à disposition d’outils avancés aux utilisateurs (shiny+rmarkdown)
    • Développement de packages
      • R2B2, gestion d’une instance i2b2
      • desctable, génération de tables descriptives et comparatives

Divers

  • Anglais lu, parlé et écrit couramment
  • Maîtrise des outils bureautique (MS Office, LibreOffice)
  • Maîtrise des logiciels métiers en information médicale (BO, DxCare, i2b2, etc.)
  • Recherche documentaire et gestion bibliographique (Zotero)

Vie associative et universitaire

  • Référent des internes de santé publique de Nancy 2015 - 2017
  • Référent local pour l’association des internes de santé publique du Nord-Est et pour le CliSP 2013 - 2017
  • Secrétaire de l’association des internes de santé publique de Nancy 2013 - 2014
  • Organisation du Séminaire Annuel National de Formation des Internes de Santé Publique de Nancy 2013
  • Vice-président communication de l’association des internes de santé publique de Nancy 2012 - 2013

Publications

120 points sigaps validés

[1] Veyer D, Wack M, Grard O, Bonfils P, Hans S, Bélec L, et al. HPV detection and genotyping of head and neck cancer biopsies by molecular testing with regard to the new oropharyngeal squamous cell carcinoma classification based on HPV status. Pathology 2019;51:421–5. doi:10.1016/j.pathol.2019.02.002.

[2] Giannini G, Francois M, Lhommée E, Polosan M, Schmitt E, Fraix V, et al. Suicide and suicide attempts after subthalamic nucleus stimulation in Parkinson disease. Neurology 2019. doi:10.1212/WNL.0000000000007665.

[3] Alauzet C, Cunat L, Wack M, Lozniewski A, Busby H, Agrinier N, et al. Hypergravity disrupts murine intestinal microbiota. Sci Rep 2019;9:9410. doi:10.1038/s41598-019-45153-8.

[4] Coulet A, Shah NH, Wack M, Chawki MB, Jay N, Dumontier M. Predicting the need for a reduced drug dose, at first prescription. Sci Rep 2018;8:15558. doi:10.1038/s41598-018-33980-0.

[5] Mazeaud C, Rigaud J, Levesque A, Madec F-X, LE Clerc Q-C, Wack M, et al. Stratification of patients with interstitial cystitis/bladder pain syndrome according to the anatomical bladder capacity. Urology 2018. doi:10.1016/j.urology.2018.07.046.

[6] Faivre J-C, Bibault J-E, Leroy T, Agopiantz M, Salleron J, Wack M, et al. Evaluation of the Theoretical Teaching of Postgraduate Radiation Oncology Medical Residents in France: A Cross-Sectional Study. J Cancer Educ 2018;33:383–90. doi:10.1007/s13187-017-1170-2.

[7] Faivre JC, Bibault JE, Bellesoeur A, Salleron J, Wack M, Biau J, et al. Choosing a career in oncology: Results of a nationwide cross-sectional study. BMC Med Educ 2018;18:15. doi:10.1186/s12909-018-1117-2.

[8] Kothari C, Wack M, Hassen-Khodja C, Finan S, Savova G, O’Boyle M, et al. Phelan-McDermid syndrome data network: Integrating patient reported outcomes with clinical notes and curated genetic reports. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet 2017. doi:10.1002/ajmg.b.32579.

[9] Lhommée E, Boyer F, Wack M, Pélissier P, Klinger H, Schmitt E, et al. Personality, dopamine, and Parkinson’s disease: Insights from subthalamic stimulation. Mov Disord 2017;32:1191–200. doi:10.1002/mds.27065.

[10] Gondim Teixeira PA, De Verbizier J, Aptel S, Wack M, Dap F, Dautel G, et al. Posterior Radioscaphoid Angle as a Predictor of Wrist Degenerative Joint Disease in Patients With Scapholunate Ligament Tears. AJR Am J Roentgenol 2016;206:144–50. doi:10.2214/AJR.15.14606.

[11] Wack M, Puymirat E, Ranque B, Georgin-Lavialle S, Pierre I, Tanguy A, et al. Evaluating the Impact of Computerized Provider Order Entry on Medical Students Training at Bedside: A Randomized Controlled Trial. PLoS One 2015;10. doi:10.1371/journal.pone.0138094.

[12] Faivre J-C, Agopiantz M, Loeb E, Cassinari K, Wack M, Catoire P, et al. [Evaluation of the theoretical teaching of postgraduate medical students in France]. Rev Med Interne 2015;36:579–87. doi:10.1016/j.revmed.2015.02.009.